دو روز بعد از پیروزی انقلاب، خمینی این حکم را صادر کرد: «جناب حجت‌الاسلام آقای شیخ صادق خلخالی دامت‌افاضه. به جنابعالی مأموریت داده می‌شود تا در دادگاهی که برای محاکمه متهمین و زندانیان تشکیل می‌شود حضور به‌هم رسانده و پس از تمامیت مقدمات محاکمه با موازین شرعیه حکم شرعی صادر کنید».

خلخالی با اینکه احکام اعدام زیادی صادر کرده بود و خود بخشی از آنها را اجرا کرد در مورد احکام اعدامش گفت: «در روز آخرت، هنگامی که من در مقابل خدا قرار می‌گیرم، به‌ خاطر همه اعمالم در دنیا مورد مؤاخذه قرار خواهم گرفت و من مطمئن هستم هیچ سؤالی در مورد اعدام‌ها از من نخواهد شد، حتی یک سؤال». این را به نیویورک‌تایمز گفته بود.

صادق خلخالی در گفت و گویی در مورد آغاز اعدام ها گفت: همان شب‌های نخستی که آن حکم معروف را از امام گرفت و به فاصله یکی، دو روز، نیمه‌شب در پشت‌ بام مدرسه رفاه چهار نفر را به جوخه مرگ سپرد.

درباره؛ صادق خلخالی بیشتر بخوانید

صادق خلخالی کیست؟

دوستی خانوادگی صادق خلخالی  با خمینی

خلخالی در مورد آشنایی‌اش با خمینی می‌گوید: «من از بچگی با مصطفی رفاقت داشتم. به خانه امام رفت‌وآمد داشتم. امام از درشتی و نترسی من خوشش می‌آمد».

صادق خلخالی در مصاحبه با بی بی سی در حالی‌که می‌خندد، گفت که شمار احکامی که صادر کرده، از دستش در‌ رفته است. در همان مصاحبه، با اشاره به حکم خمینی می‌گوید: «معلوم میشه من صلاحیت صدور حکم شرعی را دارم. هیچ جایی امام خمینی اعتراضی به من نکرده است…».

اعدام هویدا

هادی غفاری در مورد اعدام هویدا می گوید: «وقتی دادگاه تمام شد، ما بیرون آمدیم. حکم به هویدا اعلام شد و او را بردند. نفهمیدم کجا رفتند. هرکس غیر از این می‌گوید، مطلع نیست».

خلخالی در این مورد می‌گوید: «خب، من این‌طور بودم که هویدا و غیرهویدا در نظر ما در دادگاه هیچ‌گونه ارزشی نداشت. هویدا هم اصرار می‌کرد که به من اجازه بدهید ۲۵ سال تاریخ ایران را بنویسیم و من هم گفتم خب، چرا نمی‌نویسی، بنویس این قلم و این هم کاغذ!» اما خلخالی یا هادی غفاری در همان فاصله بعد از پایان دادگاه هویدا را در میان شگفتی او کشتند.

کشتار در کردستان توسط صادق خلخالی

صادق زیبا کلام در مورد ورود خلخالی به کردستان می‌گوید: او از سوی خلخالی به همکاری با دموکرات‌ها متهم شده بود: «صادق خلخالی گفتند پرونده این را بیاورید… عرق سردی در بدنم جاری شد و زانوانم بی‌اختیار به لرزش درآمدند. برای یک لحظه فکر کردم که چه تیتر جالبی در روزنامه‌های فردا خواهد آمد که آیت‌الله خلخالی نماینده نخست‌وزیری در کردستان را به جرم همکاری و جاسوسی برای دموکرات‌ها، اعدام کرد… چند لحظه پس از آن، افسر بی‌سیم وارد اتاق شد. [فتوای خمینی برای قتل عام کردستان یک ننگ ابدی بر چهره فاشیسم حاکم]

به‌ سرعت به سمت آقای خلخالی رفته و چیزی در گوش وی گفت و هنوز خم شده بود که خلخالی شتابان از جای برخاسته و از اطاق خارج شد. لحظه‌ای بعد دو هلیکوپتر حامل خلخالی و همراهان به هوا برخاستند و در افق گم شدند… با نخست‌وزیری تماس گرفتم و با صدایی که از فرط هیجان می‌لرزید به مهندس مهدی چمران گفتم آخر این مملکت صاحب ندارد. ایشان گفتند که خلخالی نمی‌بایستی به آنجا می‌آمد و دستور صریح امام است».

اعدام در سردخانه توسط صادق خلخالی

سرحدی زاده در مورد یک دیدارش با بهشتی می‌گوید: «ایشان رئیس دیوان ‌عالی کشور بودند و طبیعی بود که حوادثی که در دستگاه قضائی و جامعه رخ می‌داد، به ایشان منتقل می‌شد. روزی بنده را به دفتر خودشان احضار کردند… با عصبانیت و صدای لرزان نامه‌ای را که در دست داشتند به طرف من پرتاب کردند و گفتند این نامه را بخوان….

ماجرای نامه به ‌این ‌ترتیب بود که یکی از نگهبان‌های پزشکی قانونی برای بهشتی نامه نوشته بود که در یک شب که من در اینجا نگهبان بودم از دادگاهی که مسئولیت آن با صادق خلخالی بود چهار نفر اعدامی را برای ما فرستادند که آنجا بماند تا صبح ببرند و دفن کنند. این چهار جنازه را در سردخانه گذاشتیم نیمه‌های شب از محل نگهداری جنازه‌ها سروصدایی آمد. دیدم یکی از این اعدامی‌ها هنوز نیمه‌جان است. من به ‌سرعت با آقای خلخالی تماس گرفتم و موضوع را اطلاع دادم. آنها هم شبانه دو، سه نفر را فرستادند، فرد نیمه‌جان را با تیر زدند و رفتند».

رضایت کامل از اعدام

سایت «تاریخ ایرانی» یکی از نطق‌های تندوتیز خلخالی را این‌گونه باز نشر داده است: «…لابد می‌گویید که یک پرونده‌ای هست، در آن پرونده آقای خلخالی یک شخصی را محکوم به اعدام کرده؛ خب بلی، قاضی خطا می‌کند. تو که حاکم شرع نبودی بنده شب ‌به ‌شب بیایم از خانه شما مشورت بگیرم و فلان بکنم… من کاری به کار شما ندارم، من حاکم شرع بودم، خودم دوختم و خودم هم پاره کردم، خودم مصادره کردم، خودم اعدام کردم. تشخیص من اصلا دعاوی نبوده منکر و مدعی بوده باشد، من قاضی امام بودم و تازه احقاق حقوق حتی آنهایی که مجرم هم بودند می‌خواستم بکنم».

روایت جواد منصوری

جواد منصوری اولین فرمانده سپاه در مورد اعدام های خلخالی می‌گوید: روز ۲۲ بهمن ۵۸ اولین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی بود، من بعنوان فرمانده سپاه آمدم تو جایگاه میدان آزادی نشستم و پهلوی دست من … خلخالی بود آنطرفش هم بنی‌صدر نشسته بود، بعد حالا قضیه ترکمن و گنبد و اینها بود، بعدش آقای خلخالی به ‌من گفت دوستان شما رفتن آنجا اینها رو سرکوب کردن، ۴تا از رهبران‌شون رو گرفتن. اینها باید اعدام بشن، اما بنی‌صدر موافق نیست، بنی‌صدر هم نشسته، اما من با بنی‌صدر دوستم نمی‌خواهم رابطه‌اش به هم بخوره…

بعدش گفتش که آقای منصوری من میروم گنبد اینها رو اعدام می‌کنم، بعد می‌گم بچه‌ها بگن ما به دستور فرمانده سپاه اینها رو اعدام کردیم». [جواد منصوری و اعتراف به اعدام شبانه و بدون محاکمه رهبران ترکمن + ویدئو]

جواد منصوری سپس می‌افزاید: «خلخالی رفت گنبد، ساعت ۱۲ شب تو گنبد آنها رو محاکمه کرد و همان شب اعدامشان کرد و فردا صبح آمد.

در تاریخ ۵شهریور ۵۹ دو خواهر پرستار کرد به نام های شهلا کعبی و نسرین (فرشته) کعبی  هر دو اهل سقز بودند که به پرستاری اشتغال داشتند. خواهران کعبی به اتهام «شرکت در درگیری‌های کردستان» و «همکاری با افراد مهاجم» و «مداوای ضدانقلاب در بیمارستان سقز» به دستور صادق خلخالی اعدام شدند. شهلا در هنگام اعدام ۳۴ و نسرین ۲۷ سال داشت.